Augenflagellaten tragen ihren Namen aufgrund des deutlich sichtbaren, roten Augenfleckes, der typisch für alle Euglenophyceae ist (altgriechisch „schönes Auge“). Der Augenfleck ist ein Pigmentfleck, der einen Photorezeptor beschattet. Dies ermöglicht dem Organismus, sich in Abhängigkeit von der Lichtrichtung zu bewegen – ein Phänomen, das man Phototaxis nennt. Jede Zelle weist üblicherweise zwei große Paramylon-Körner (Speicher-Zucker) auf, eines vor und eines hinter dem Zellkern, die man gut auf der mikroskopischen Aufnahme erkennen kann. Der Augenflagellat Lepocinclis besitzt eine starre, strukturierte Hülle, daher sein Name (altgriechisch „Schalengitter“).

Augenflagellaten sind nicht vollständig autotroph, da sie auch organischen Substanzen aus dem umgebenden Medium aufnehmen. Sie sind also, wie auch für Chrysophyceae (Goldalgen), Dinophyceae (Dinoflagellaten), Haptophyceae und Cryptophyceae (Schlundgeißler) beschrieben, mixotroph. Bemerkenswert ist auch die schraubig gestreifte Zellhülle, die keine Zellwand ist, sondern aus innerhalb des Plasmalemmas liegenden, gegeneinander verschiebbaren Rippenplatten aus verdichteten Proteinen besteht. Ihre systematische Zuordnung zu den „richtigen Grünalgen“ ist daher umstritten, man könnte sie ebenso als Vertreter der Protozoa (Einzeller) auffassen.

Auf dem Foto sind die beiden Augenflagellaten von mehreren kleinen, grünen Kugeln umgeben. Diese Grünalgen haben wahrscheinlich, in der Lichtmikroskopie nicht erkennbare, Geißeln und sind der Gattung Chlamydomonas zuzuordnen.