Eine Schlüsselposition in einem Naturfreibad nehmen Algen ein. Sie bauen durch den Prozess der Photosynthese mit Hilfe von Sonnenlicht aus anorganischen Kohlenstoffverbindungen und Nährstoffen Biomasse auf. Dabei wird Sauerstoff freigesetzt, den alle Tiere im Wasser (und an Land) zum Leben brauchen. Zudem sind sie eine wichtige Nahrungsgrundlage für viele Organismen, insbesondere für das Zooplankton.

Algen kommen freischwimmend im Wasserkörper vor (Phytoplankton) oder an Beckenwänden, Steinen oder sonstigen Substraten bzw. Oberflächen aufwachsend (z.B. Fadenalgen). Zwischen beiden Algengemeinschaften gibt es zahlreiche Übergänge.

Betrachtet man sie unter dem Mikroskop offenbart sich eine schier unendliche Formenvielfalt. Ihre Biomasse macht die Trophie eines Gewässers aus. Die Trophie ist die Intensität der photoautothrophen Produktion. Die Zunahme dieser Primärproduktion bezeichnet man als „Eutrophierung“ (umgangssprachlich: „das Gewässer kippt um“). Für Badegewässer sind oligo- bis mesotrophe Bedingungen (geringes bis mittleres Nährstoffangebot) sehr gut geeignet. Sind zu viele Algen im Wasserkörper enthalten, kann dies die Sichttiefe verringern.